支払対象となる感染症は、つぎのいずれかとなります。
| 新型コロナウイルス感染症（Covid-19） | |
| 一類感染症（※） | エボラ出血熱、クリミア・コンゴ出血熱、痘そう、南米出血熱、ペスト、マールフルグ病、ラッサ熱 |
| 二類感染症（※） | 急性灰白髄炎（ポリオ）、結核、ジフテリア、重症急性呼吸器症候群（病原体がベータコロナウイルス属SARSコロナウイルスであるものに限る）、中東呼吸器症候群（病原体がベータコロナウイルス属ＭＥＲＳコロナウイルスであるものに限る。）、鳥インフルエンザ（H5N1、H7N9） |
| 三類感染症（※） | コレラ、細菌性赤痢、腸管出血性大腸菌感染症、腸チフス、パラチフス |
（※）2021年4月1日時点の「感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律」に定めるものです。法令等の改正により、対象となる疾病が変わることがあります。